Въпреки, че магнитите се използват отскоро в медицината, магнитотерапията се използва за лечение и възстановяване от хиляди години. Много от древните цивилизации са използвали лечебните свойства на магнитите. Най-ранните данни за използването на магнитотерапията за лечение е Жълтата императорска книга по вътрешна медицина - китайски текст датиращ от 2000 г. пр. н. е., описваща как прилагането на магнитни камъни може да коригира дисбаланса на "Ци" или живата сила. Египетски документи показват че древните египетски лечители са използвали много от терапевтичните свойства на магнетизма - добре известна е историята за Клеопатра, която редовно използвала магнитни бижута и носела лента с вградени магнити около челото си за да запази своята младост. Други древни цивилизации, за които е известно че са използвали магнитотерапията са индийците, арабите и евреите. Известно е че древните гърци също са използвали магнити с терапевтична цел. Великият философ Аристотел и бащата на съвременната медицина Хипократ описват терапевтичните свойства на естествената магнитна руда. Около 200 г. пр. н. е. известният гръцки терапевт Гален открива, че естествените магнити могат да намалят болката причинена от различни видове болести. Има документирани много източници от древността описващи лечебните свойства на магнитотерапията. През I в. от н. е. китайски лечители започнали да описват резултатите върху здравето на човека при промяна на магнитното поле на земята, използвайки много чувствителен компас с който наблюдавали леките отклонения. Документ от неизвестен автор от 752 г. от н. е. озаглавен "Рецепта за хиляда дуката" описва: "Сложете магнитен прах върху рана за намаляване на болката и спиране на кървенето". По-късни документи разкриват че магнитите са били използвани за различни лечебни цели: за увеличаване силата на мускулите и костите, ставни болки, подобряване състоянието на бъбреците и лечение на очите.Около 1000 г. от н. е. персийски лечител документира използването на магнити за подпомагане при различни състояние като мускулни спазми и болезнени възпаления. В началото на XVI-ти век след многобройни положителни резултати много европейски лекари и учени започват изучаването на магнитите и тяхното приложение за терапевтични и лечебни цели. През 1530 г. известният лечител Парацелз документира многобройни успешни опити за лечение използвайки магнитно поле.